Av den anledningen inrättades en Forskningsfond 1993 på initiativ av Sam Larsson genom beslut i FPE-S styrelse för att aktivt stödja forskningen kring transvestism och hålla kontakt med ny kunskap inom området. I Sverige hade viss forskning och en studie gjorts av Maj-Briht Bergström-Walan 1971 och en något större enkätundersökning av Anette Hall 1982. 1986 påbörjade Sam Larsson sin doktorsavhandling "Det andra jaget vid manlig transvestism" med djupintervjuer av några av FPE:s medlemmar; arbetet avslutades med disputation 1997. Forskningsfondens arbetsutskott kom att bestå av Maj-Briht Bergström-Walan, Axel Brattberg, Sam Larsson, Anette Hall och Marianne Berg.

Under 1990-talet arrangerade Forskningsfondens arbetsutskott bl.a. två mycket välbesökta seminarier på Läkaresällskapet i Stockholm, varav ett med Virginia Prince som huvudtalare. Hon är en av de ledande forskarna i världen om transvestism. Arbetsutskottet har också deltagit i av andra ordnade seminarier och på eget förlag givit ut boken "Transvestism och det andra jaget" (1994) av S Larsson och M-B Bergström-Walan i samarbete med A Hall, samt publicerat den enkätbaserade studien "Hustrur till transvestiter - deras attityder till manlig transvestism" (1995) i facktidskriften Nordisk Sexologi. S Larsson och M-B Bergström-Walan har även författat en artikel: "Multi-sexuality, cross-dressing and the multiplicity of mind" (1999) publicerad i Scandinavian Journal of Sexology.

En modern syn på transgenderföreteelserna födde ett behov av förtydligande, varför FPE-S Forskningsfond i november 2000 namnändrades till AFTO (Akademin för Forskning inom TransgenderOmrådet) och en Instruktion för AFTO stadfästes av FPE-S årsmöte i mars 2002. Perspektivet vidgades till att omfatta hela cross-dressing spektrumet (fetischism, transvestism, marginal transvestism, primär och sekundär transsexualism) även om visst fokus på transvestism kvarstår.

I AFTOs uppgifter ingår att - i mån av tid och resurser - kritiskt granska den pågående forskningen, genomföra mindre och väl avgränsade projekt i egen regi, bistå med handledning för studerande som skriver specialarbeten om transvestism, och att i samarbete med intresserade forskare, psykologer, sociologer, antropologer och FPE-S medlemmar medverka till att viktiga frågor som berör transvestism redovisas i översiktsartiklar. Utöver dessa allmänna syften ska AFTO i mån av ekonomiska resurser bjuda in kunniga personer med intressanta tankar kring transvestism att presenteras på något FPE-S möte eller seminarium.

Just nu (2003) är AFTO inne i slutfasen av bearbetningen av en tredje, mycket stor enkätundersökning som genomfördes 1998. Den är förmodligen en av de mest omfattande även i internationellt perspektiv och kommer att publiceras inom en snar framtid.